CSVファイルをECサイトへ直接取り込む際には、タテンポガイドの販売管理＞販売出力から出力したファイルは取り込めません。
ECサイトの管理画面からダウンロードしたファイルを加工して取込んでください。
その場合、同じファイルをタテンポガイドにも取り込まないと再度販売アップロードしたときにタテンポガイドの情報により上書きされてしまいます。